Gérer ses notes de Frais à l’heure de la Facturation Électronique | Guide Complet
Qu’est-ce que la Réforme de la Facturation Électronique ?
La dématérialisation est, depuis quelques années, encouragée par le gouvernement et elle est désormais en passe de devenir obligatoire pour toutes les entreprises. En effet, depuis le 1er janvier 2020, toutes les structures devaient déjà être en mesure de recevoir les factures de leurs fournisseurs de manière électronique. Aujourd’hui, la nouvelle Réforme de la Facturation Électronique (RFE 2026) va plus loin. Elle impose désormais un cadre strict pour l’émission et la réception des factures, impactant directement la gestion des dépenses professionnelles.
Comment concilier notes de frais et e-invoicing ?
Ce guide vous donne les clés pour transformer cette obligation légale en levier de performance pour votre gestion des frais.
Calendrier de la RFE
| Date à laquelle l’émission des factures électroniques sera obligatoire | Entreprises concernées |
| 1er septembre 2026 | Grandes entreprises
Entreprises de taille intermédiaire (ETI) |
| 1er septembre 2027 | Petites et moyennes entreprises (PME)
Micro-entreprises |
- Dès le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent accepter la réception des factures électroniques
- Dans le cadre de la gestion des notes de frais, seule la partie réception des factures électronique nous concerne
Les principes de la RFE
Qui est concerné par la réforme ?
La Réforme de la Facturation électronique RFE 2026, concerne exclusivement les transactions et facturations entre professionnels. Plus précisément, il s’agit des échanges commerciaux entre sociétés françaises (B2B) assujetties à la TVA.
À noter : cette nouvelle réglementation ne s’applique pas aux achats effectués par des particuliers (B2C), qui restent en dehors de ce cadre de facturation électronique obligatoire.
La standardisation au service de l’efficacité
Le second principe fondamental est la standardisation des flux pour garantir une interopérabilité totale. Désormais, les factures doivent adopter un format structuré et normalisé :
- Factur-X, combinant PDF/A-3 et XML) ;
- UBL, Universal Business Language (XML) ;
- CII, Cross Industry Invoice (XML).
Au-delà du fichier lui-même, le mode d’échange devient lui aussi réglementé : l’émission et la réception des factures devront impérativement transiter par une Plateforme Agrée (PA, anciennement appelée PDP), assurant ainsi la sécurité et la conformité de chaque transaction.
Notes de frais et facturation électronique : les cas d’usage clés
La mise en place de la Réforme de la Facturation Électronique (RFE) segmente alors la gestion des notes de frais en deux catégories selon le nom sur le justificatif.
Achat et justificatif établi au nom du salarié (ou sans identification)
- Type d’achat :« B to C » ;
- Règlementation : Ce frais ne rentre pas dans le cadre de la RFE ;
- Remboursement : Le justificatif est suffisant pour que le salarié puisse se faire rembourser. Le processus de remboursement ne change pas ;
- Gestion de la TVA : La TVA reste récupérable, elle doit en plus être prise en compte par le logiciel comptable pour corriger la déclaration de TVA (à venir).
Achat et justificatif établi au nom de l’entreprise
- Type d’achat : « B to B » ;
- Réglementation : Ce frais entre dans le cadre de la RFE, il est obligatoire pour les factures supérieures à >150 € HT ;
- Obligations du vendeur : Le vendeur envoie une facture électronique à la société de l’acheteur. La facture doit comporter les mentions : « Facture réglée, TVA déjà collectée » ;
- Justificatif salarié : Le vendeur doit fournir un reçu de paiement à l’acheteur, il fait office de justificatif au salarié pour se faire rembourser par son entreprise ;
- Gestion de la TVA : L’enregistrement de la TVA est récupérable et se fait lors de la comptabilisation.
Les risques liés à la double gestion des flux
L’arrivée de la RFE amène un double traitement des données : d’un côté, la réception automatisée de la facture électronique via la Plateforme de Dématérialisation (PPF ou PDP), et de l’autre, la saisie manuelle de la note de frais par le salarié pour son remboursement.
Ce double flux fait risquer l’entreprise à trois risques majeurs qu’il convient d’anticiper :
- La double récupération de TVA : Si la TVA est déduite une première fois lors de l’intégration de la facture électronique et une seconde fois lors du traitement de la note de frais, l’entreprise s’expose à un risque fiscal lors d’un contrôle.
- Le double paiement : Sans un rapprochement clair entre la facture fournisseur et la demande de remboursement du salarié, l’entreprise pourrait payer deux fois la même prestation (une fois au fournisseur et une fois au salarié).
- Le déséquilibre comptable : Si la facture électronique est intégrée en comptabilité mais que le salarié ne saisit pas sa note de frais (ou avec un décalage important), cela crée des écarts de réconciliation et fausse la vision réelle des dépenses de l’entreprise.
Évolutions prévues dans NOTYS NDF
L’arrivée de la Réforme de la Facturation Électronique (RFE 2026) impacte directement la gestion des notes de frais en entreprise.
Pour accompagner ces évolutions, Notys fait évoluer son module Notys NDF, afin de garantir la conformité réglementaire et de sécuriser les flux entre factures électroniques, justificatifs notes de frais, et comptabilité.
Avant l’engagement du frais : un parcours fournisseur simplifié
Des nouveautés pour faciliter l’expérience utilisateur:
Affichage dans l’application mobile des informations nécessaires au fournisseur :
-
- SIREN / SIRET de l’entreprise
- Référence PA (PDP)
- Matricule RFE (Permettant d’anonymiser l’identité du salarié)
Utilité : Le collaborateur peut communiquer directement des informations fiables au fournisseur, en évitant les erreurs de facturation et en optimisant la réception des factures électroniques (Factur‑X, UBL, CII).
Saisie développée et contrôles automatiques
NOTYS SOLUTIONS ajoute également des champs et contrôles supplémentaires lors de la saisie d’une note de frais :
- Case à cocher : “Facture au nom de l’entreprise”
- Lecture automatique (« OCR » et « IA ») des informations clés :
- Numéro de facture
- TVA
- Identifiant TVA du fournisseur et détermination du pays
Utilité : Cette évolution permet de mieux distinguer les frais B to C (non soumis à la RFE) et les frais B to B (soumis à la facturation électronique obligatoire supérieurs à 150 € HT).
Comptabilisation : un pilotage plus fin des flux
Grâce aux nouvelles données importables, Notys peut désormais proposer une comptabilisation cohérente entre la note de frais et la facture électronique reçue via NOTYS NDF. Mais également, l’identification automatique des factures déjà réglées pour éviter les doubles paiements.
Utilité : Cette synchronisation est essentielle, car la RFE 2026 impose un suivi strict des données de TVA et du traitement des factures dans le but de réduire les risques de fraude et d’assurer la transparence fiscale.
Impacts comptables : ce qu’il faut anticiper
En anticipation, les entreprises doivent clarifier leurs processus comptables en séparant bien les comptes fournisseurs (401) des comptes salariés de Notes de Frais (425).
C’est pour cela qu’il faut mettre en place des contrôles croisés : Note de Frais & Facture électronique, pour s’assurer de la cohérence entre les deux justificatifs, tout en éclatant les écritures selon leurs natures.
À Noter : Ces étapes sont essentielles pour répondre aux nouvelles exigences de l’e-invoicing et de l’e-reporting, qui visent à rendre la comptabilité plus transparente et standardisée.
Les bonnes pratiques pour une transition réussie
La première phase de la Réforme de la Facturation Electronique prend effet le 1er septembre 2026, pour vous accompagner dans cette transformation digitale voici 4 conseils :
Mettre en place un plan de synchronisation des flux
Cette synchronisation limite les risques de doublon de TVA et les erreurs de double paiement.
La réforme de la facturation à pour but de faire coïncider les données, pour être en règle, vous devez d’une part recevoir les factures électroniques via le Portail Public e Facturation (PPF) et d’autre part utiliser une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) pour la saisie des notes de frais par vos collaborateurs, ce à quoi répond la mise à jour de Notys NDF.
Sensibiliser et former les collaborateurs
La e-facturation est un nouveau défi pour vos collaborateurs, il est important de former vos équipes aux différents types d’achats auxquels elles pourront faire face : Les achats avec facture au nom de l’employé (B to C) et au nom de l’entreprise (B to B), comme énoncés précédemment.
Assurer une veille réglementaire constante
Le cadre légal dicté par la DGFiP et les normes AFNOR son évolutifs. Pour garantir votre conformité et éviter les sanctions, une veille active sur les mises à jour réglementaires est indispensable.
Informez-vous auprès des ressources certifiées et des experts du secteur permet de sécuriser chaque étape de votre transition.
Voir les Webinaires NOTYS à ce sujet
Collaborer avec des éditeurs et plateformes agréées
Optimisez votre gestion avec un éditeur grâce à l’archivage des factures et la création de Notes de Frais : On premise, mettre à jour et en règle le logiciel comptable, tandis qu’en SaaS Vérifier que votre logiciel est à jour et en règle avec la Réforme.
En savoir plus sur Notys NDF RFE Ready (mettre un lien vers NOTYS MàJ RFE)
Ce qu’il faut retenir
La Réforme de la Facturation Electronique est une opportunité pour la gestion de vos notes de frais. Optimisation, vérification et conformité légale, ce n’est plus une contrainte mais un avantage concurrentiel !
En automatisant le traitement des factures et en sécurisant la récupération de la TVA, votre entreprise gagne en transparence et en productivité.
Notys accompagne ses clients avec des outils innovants et une veille réglementaire active pour garantir une transition fluide. Anticiper ces changements dès aujourd’hui, c’est assurer la conformité de votre comptabilité et éliminer définitivement les risques d’erreurs manuelles.